1940 kommt Schäfer als 13-Jähriger in die Schülermannschaft der Königsblauen, spielte dort mit Berni Klodt. Bereits als 16-Jähriger gehört der Offensivmann zum Kader für die Erste Mannschaft. Viele Spieler der damaligen S04-Auswahl sind zum Kriegsdienst eingezogen worden. Nach Abstechern zum VfB Gelsenkirchen und zur Spielvereinigung Holzwickede kehrt Manfred Schäfer zum S04 zurück.

In den Spielzeiten 1951/1952 und 1952/1953 kommt er als Linksaußen in der Oberliga West – der damals höchsten Spielklasse – zu insgesamt zwei Einsätzen: am 27. Januar 1952 gegen die Sportfreunde Katernberg (3:1) und am 12. April 1953 gegen den MSV Duisburg (1:4). Dabei spielt er an der Seite von einstigen und kommenden Meisterspielern wie Hermann Eppenhoff und Günter Siebert. Eine schwere Knieverletzung setzt seiner Laufbahn 1954 ein frühzeitiges Ende.

Manfred Schäfer bleibt Zeit seines Lebens großer Schalke-Fan. Den Kontakt zu seinen ehemaligen Mitspielern hat er lange gehalten, sich über die Jahre mit den früheren Mannschaftskameraden regelmäßig im Vereinslokal Bosch getroffen. Bis zu einer eintretenden Demenz vor rund zwei Jahren verfolgt er jedes Spiel seines Clubs. Für ihn gilt: „Einmal Schalker, immer Schalker.“

Der FC Schalke 04 wird Manfred Schäfer stets ein ehrendes Andenken bewahren.